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從第二季開始，劇情不再像第一季每集基本只針對一案，而是有一個大主題或對手，穿插一些不同事件，這一季主要是在《美國隊長2》到《復仇者聯(lián)盟2：奧創(chuàng)紀元》期間，“九頭蛇”組織重新崛起，以1945年卡特特工繳獲084物品方尖碑開始，引出外星種族克里人，而后揭露沃德“九頭蛇”臥底身份，再通過斯凱父母，揭露她異人族身份，斯凱也化身震波女，蕾娜化身刺猬先知女，安托萬卻意外去世（超傷心），后半部分故事異人族和隱藏得我“神盾局2號”也進入亂局，同時在保留上一季主團的情況下，本季加入不少新角色，包括痞子男特工亨特、黑人壯漢特工邁克、美女特工芭芭拉，后期異人電男林肯也半加入，同時凱尼格小胖子家族特工也依然活躍，神秘石也登場了，最后斯凱被迫無奈消滅了母親。整體劇情依然精彩，反轉不斷，人物也都塑造的越來越棒。